氨基酸的缺乏影响蛋白质的合成速率及类型，RNA合成和抗体形成过程。氨基酸还通过影响其他必需营养物质的代谢间接影响机体的免疫功能。
蛋白质或各类氨基酸的缺乏可以降低猪只机体内循环抗体抵抗病原微生物的能力。猪只必需氨基酸（赖氨酸、蛋氨酸、苏氨酸、色氨酸、亮氨酸等）的缺乏，影响疫苗免疫应答的启动。
苏氨酸是动物机体合成免疫球蛋白的一种重要的氨基酸，它的缺乏会抑制免疫球蛋白、T淋巴细胞、B淋巴细胞及其所接种各类疫苗抗体的产生，提高日粮中的苏氨酸水平可显著提高血清IgG水平。。
在低蛋白日粮补充异亮氨酸可显著提高断奶仔猪的生产性能。
蛋氨酸可激活细胞增殖有关的转录因子和阻止氧化剂激活NF-xB途径，达到抗炎症效果。（Grimble，2006）
精氨酸可提高淋巴细胞、巨噬细胞的活性，并能够增加淋巴细胞数量（Madden et al，1988）